再生资源经济是一种新的社会经济运行机制，需要重新构建一个新的制度框架，对人与自然的关系和人类社会生产关系进行新的制度安排。制度的经济功能和社会功能意味着创新再生资源经济制度的必要性，制度变迁与经济发展和社会进步的关系说明再生资源经济制度创新的必然性，制度起源与制度本质的理论界说有助于揭示再生资源经济作为一种经济形态制度变迁的规律性。再生资源经济与一般经济形态的不同在于它的正外部性和公共品性质，因此，循环经济制度变迁的主体和动机具有特殊性，制度变迁的动力和制度供求关系的变化不是简单地运用“经济人”假设、理性决策和均衡等概念可以解释的，由此形成的制度变迁方式和路径也需要重新设计。

运用制度变迁理论研究再生资源经济，包括从制度变迁与经济发展的关系、制度变迁与生态系统转型的关系、制度创新与再生资源经济促进的关系以及促进再生资源经济的非正式制度等方面对再生资源经济制度变迁规律进行探讨。在制度变迁方式上，注意强制性变迁与诱致性变迁、主导性变迁与协同性变迁、整体性变迁与局部性变迁的结合。在制度供给与需求上，根据不同领域、不同环节有着不同的制度需求，从而采取相应的制度安排：针对“既循环又经济”，以利用市场为主；针对“虽循环不经济”，以完善价格机制和产业化政策为主；针对“虽经济难循环”，以技术扶持政策为主；针对“虽经济不循环”，以庇古税为主。在制度变迁路径上，分析再生资源经济发展的制度互补性、制度适应性、路径依赖性、制度关联性与“多米诺骨牌”策略。